風和日麗的一天，鈴木財團巨資營建的鈴木塔舉行了盛大的開幕典禮。柯南（高山南配音）和好朋友們自然受邀參觀。誰知一名游客突然被遠處建筑發射來的子彈狙擊身亡，柯南鎖定兇手果斷展開追擊，然而對方膽大非常，公然炸毀攔截他的警車，在重重包圍中脫身而去。在此之后，FBI和日本警方組成聯合調查總部，經朱蒂?斯泰琳（一城美由希配音）介紹得知，嫌疑人很可能是原美國海豹突擊隊狙擊手蒂莫西·亨特。戰功顯赫的亨特曾經獲得過...

東京峰會召開在即，為了確保會議順利進行，日本警方出動約兩萬名警力對位于東京灣的超大設施“海洋邊緣”進行安保工作。可就在嚴密的防控下，此地已然發生了爆炸案。令柯南（高山南配音）等人始料未及的是，現場居然留下了對毛利小五郎（小山力也配音）極其不利的證據。在此之后，小五郎遭到逮捕。柯南則發現安室透曾出現在爆炸現場，并且負了傷。為了還毛利叔叔的清白，柯南和阿笠博士以及少年偵探團的小伙伴們聯合起來勘察現場，...

東京、大阪、京都相繼發生殺人事件，5名死者皆是被頭戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬間殺害。警方介入調查，發現死者都是出沒于3地專門偷竊有名的佛像及美術品的偷盜集團“源氏螢”成員。該集團共有成員8名，以義經的家臣名字互相稱呼，且都持有一本《義經記》，被害5人手中的《義經記》均被拿走。          ...

柯南和小五郎等拉著大隊，來到位于太平洋中的美麗小島“神海島”渡假。這座島嶼自古已有流傳，大概有關沉沒于海底的古代遺跡“海底宮殿”，及300年前兩名女海盜遺留下來的寶藏傳說。小蘭和園子不懼流傳，在“海底宮殿”附近潛水時，意外遇到一大群正在尋找寶物的獵人，不料其中一人突然遭鯊魚攻擊，不幸身亡！小蘭和園子幸運逃難，柯南見那位獵人死狀詭異，與灰原一起展開調查。    ...

柯南在街頭目睹一名正打電話的警察在雨中被射殺，忙將兇手追蹤，但兇手逃脫。死者閉眼一刻緊抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南從目暮警官口中了解到緊抓左胸是暗示那里有警察手冊。不久又有警察手拿警察手冊被人射殺于地下車庫。對于這兩起案件，目暮警官等人一反常態不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心進一步追問，白鳥警官只答一句“Neednottoknow”。該話是警察之間所用的密語，意味這兩起殺人事件與警...

一年一度的七夕即將到來，東京、神奈、靜岡、長野等地卻接連發生六起連環殺人案，被害者身邊皆留下麻將牌中的七筒和奇怪暗示。由于作案范圍過大，各地警署探員紛紛聚到東京警署的專案組共同研究案情，毛利小五郎也被邀請參加，柯南則偷偷聽取了會議的內容。會后，柯南無意中聽到群馬縣警部山村操哼唱的童謠，繼而發現有黑衣組織的成員混進警察中間。在一次圍捕行動中，柯南遇到假扮人質的Vermouth，得知近期一連串的殺人案...

一天毛利小五郎收到一張請帖，里面是謎樣男子的委托，需要前往橫濱的一個游樂場。小五郎和柯南一行人快樂地到達歡樂的游樂場，還帶上了可以出入無阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有帶上手表的人不得離開游樂場，否則便會發生爆炸。從現在開始到晚上十點，柯南和小五郎如果不能解開謎題，蘭和少年偵探團也會隨著游樂園粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接稱呼柯南為工藤新一。...

堂本一輝是著名的鋼琴演奏家，兩年前突然宣布不再演奏鋼琴轉而攻向管風琴，更斥資建造了堂本音樂廳，準備在落成之日舉行演奏會。然而在演奏會之前，堂本音樂學院的學生相繼死去，先是爆炸案，后是單個被殺。                 &n...

知名舞臺劇女演員牧樹里這日收到怪盜基德的預告信：在26個字母的盤旋飛舞中，他來拜領無價的“命運的寶石”。毛利小五郎受到牧樹里委托將信件分析，認為基德將在演出最后一晚前來盜取寶石，當晚他及柯南、小蘭等人來到劇場，那里早有諸多警察守候。              ...

陽光明媚的一天，東都體育場正進行一場東京Spirit和大阪鋼巴的精彩足球比賽，江戶川柯南（高山南配音）、灰原哀（林原惠美配音）、阿笠博士以及少年偵探團的伙伴們齊齊到場吶喊助威。城市的另一邊，事務所內的毛利小五郎（小山力也配音）卻接到一通恐怖襲擊的電話。經過一番努力，小蘭（山崎和佳奈配音）終于擺脫新一解開了犯人留下的暗語，成功拯救了無數人的生命。在此之后，警方和毛利一方鎖定了數名嫌疑人，并隨之展開調...