為了救神谷薰（武井咲飾），緋村劍心（佐藤健飾）縱身躍入大海，昏迷中他飄到某座小島，最終為傳授了他飛天御劍流的師父比古清十郎（福山雅治飾）所救。深感到自身與志志雄真實（藤原龍也飾）的巨大差距，為了拯救全日本，劍心懇請師傅傳授他飛天御劍流的最高奧義。與此同時，志志雄劍指東京，邁出武力奪國的下一步。他強迫伊藤博文（小澤征悅飾）對劊子手拔刀齋發布全國通緝令，得知消息的薰、左之助（青木崇高飾）則匆匆向東...