延續前一集的劇情，獅子亞歷克斯（本·斯蒂勒BenStiller配音）、斑馬馬蒂（克里斯·洛克ChrisRock配音）、長頸鹿邁爾曼（大衛·休默DavidSchwimmer配音）、河馬格洛里亞（賈達·萍克·史密斯JadaPinkettSmith配音）以及企鵝們，為了能離開馬達加斯加島回到五光十色的紐約，對一架破舊的失事飛機進行維修改造，并成功起飛。當大家已經開始慶祝終于可以回到紐約時，飛機卻意外...

1845年，尚年幼的維克多與詹姆斯兄弟倆在長輩之間一場突如其來爭執中喚醒了自身的潛能，詹姆斯情急之下將陌生的生父殺死，自此兄弟兩人流落戰場，他們憑借不死不衰之身和野獸一般的天賦在各個時代的戰爭中大開殺戒，直到遇見史崔克少校并加入了他的異能人特殊部隊。詹姆斯（休·杰克曼HughJackman飾）很快厭倦了對弱勢者的殺戮，離開了團隊和維克多（列維·施瑞博爾LievSchreiber飾），與女友凱拉隱居...

在亞馬遜叢林腹地，探險科學家圖里奧（羅德里格·桑托羅RodrigoSantoro配音）和琳達（萊斯利·曼恩LeslieMann配音）發現幾近滅絕的野生藍色斯皮克斯金剛鸚鵡。夫妻倆通過電視向全世界宣布這一驚人消息，看到這一幕的珠兒（AnneHathaway配音）勸說丈夫布魯（JesseEisenberg配音），打算帶著三個調皮可愛并且已經習慣了人類文明世界生活的鸚鵡小寶寶，回到它們生長千百年的故鄉尋...

延續前一集的劇情，獅子亞歷克斯（本·斯蒂勒BenStiller配音）、斑馬馬蒂（克里斯·洛克ChrisRock配音）、長頸鹿邁爾曼（大衛·休默DavidSchwimmer配音）、河馬格洛里亞（賈達·萍克·史密斯JadaPinkettSmith配音）以及企鵝們，為了能離開馬達加斯加島回到五光十色的紐約，對一架破舊的失事飛機進行維修改造，并成功起飛。當大家已經開始慶祝終于可以回到紐約時，飛機卻意外降落...