星際聯邦的大敵克林貢帝國因為連年爭戰，經濟及生態環境破壞殆盡，一位克林貢領袖遂在企業號太空船護送下前往地球談和，中途卻遭到陰謀份子暗殺，并且嫁禍企業號……...

寇克將軍，歡迎您重返企業號！                               ...

2285年，在與可汗的戰斗中損壞的聯邦星艦進取號，返回了地球的太空港以進行維修。柯克還在為斯波克的死感到悲傷。麥科伊醫生出現了種種異常的行為：如擅自闖入被封鎖的斯波克原來的艙房、胡言亂語等，最后他被送進了醫院進行精神檢查。斯科提被另分派到了聯邦星艦精進號。星際艦隊指揮部對新形成的創世星下達了禁入令。柯克被告知，進取號即將除役。      ...

一艘巨大的外星無人探測器向地球航來，它不斷地發出奇特的電波信號：功率強大的信號煮沸了海水，干擾了附近的星艦并造成了廣泛的破壞。此時，詹姆斯·柯克中將與他的船員們在完成了讓斯波克上校復活的任務后，駕駛著從克林貢人那搶來的猛禽艦（被改名為“賞金號”）從瓦肯星返航，盡管他們已經知道了將面臨軍事法庭的指控：他們被指控盜竊了聯邦星艦進取號，并對她的毀壞負有責任。在此關頭，尚在恢復中的斯波克發現這艘外星探測器...

本片是《星艦迷航記》系列電影的第五集，由原班人馬主演，但改由飾演寇克船長的威廉·賽特納執導，也是他的導演處女作。故事描述一名神秘的瘋狂幻想家賽布克占領了一個遙遠的星球，劫持星際大使作人質，強迫企業號宇宙飛船緊急出發，進入沒有人做訪過的未知宇宙去尋找傳說中的上帝，但上帝到底是誰呢？本片的開場頗具震撼力，可惜發展下去難以為繼，使大部分的篇幅在過分玄奧的故事框架中興圈子，只能靠壯觀的視覺特效維持其吸引力...

邪惡的可汗逃脫十五年前被寇克船長拘禁的星球，他本人是一位智勇雙全的領袖，但此刻已變成一個邪惡的狂人，他誓言要向寇克船長討回血仇。于是他先劫持了一艘聯邦戰艦，后又偷取了寇克船長的兒子和舊情人制造的毀滅性武器。并引誘企業號投入他精心設計的圈套……...