一艘巨大的外星無人探測器向地球航來，它不斷地發出奇特的電波信號：功率強大的信號煮沸了海水，干擾了附近的星艦并造成了廣泛的破壞。此時，詹姆斯·柯克中將與他的船員們在完成了讓斯波克上校復活的任務后，駕駛著從克林貢人那搶來的猛禽艦（被改名為“賞金號”）從瓦肯星返航，盡管他們已經知道了將面臨軍事法庭的指控：他們被指控盜竊了聯邦星艦進取號，并對她的毀壞負有責任。在此關頭，尚在恢復中的斯波克發現這艘外星探測器...