面積占東京都西部1/3、人口超過230萬、八成以上由學生組成的學園都市，尖端科技發展迅速，超能力開發已經深入到城市的各個角落。超能力水平高達Level5的御坂美琴（佐藤利奈配音）如往常一樣和初春飾利（豐崎愛生配音）、白井黑子（新井里美配音）等好友過著平凡的日子，間或熱血爆發挫敗各種擾亂城市的陰謀。某天，在調查一起現今卡事件時她邂逅了長點上機學園的布束砥信（葉山郁美配音），從而得知用美琴的DNA大批...

「攻殻機動隊」の士郎正宗が原案、「エクセル?サーガ」の六道神士が漫畫を手がけるコミック「紅殻のパンドラ」をアニメ化。先進國の一部ではサイボーグや自律ロボットが普及しはじめた時代。幼い頃の事故が原因で脳以外の全身を義體化した少女?七転福音（ななころびねね）は、親類を頼って人造のリゾートアイランド「セナンクル島」にやってくる。しかし、そこで待っていたのは、重武裝のテロリストや大量破壊兵器がのさばる途方...