為了對抗突然出現的人類之敵「涅洛伊」，世界各國組成了聯合軍。但能夠與他們對抗的，僅有具備特殊魔力的少女們而已……。由聯合軍主導的柏林奪還作戰終于啟動，再次成軍的第501統合戰斗航空團「強襲魔女」，在新的501成員「服部靜夏」加入后，與涅洛伊的殊死戰斗逐漸擴大化！究竟柏林的天空能否得到解放！？...

在參拜母親墳墓的回程途中，真嗣（緒方惠美配音）和葛城美里（三石琴乃配音）遭遇了第七使徒的攻擊，關鍵時刻2號機勢如破竹挫敗對手，真嗣也由此結識了2號機的操縱者式波·明日香·蘭格蕾（宮村優子配音）。與沉默寡言的綾波麗（林原惠美配音）不同，明日香自信張揚，甚至有些自大，在和真嗣相處的日子里，彼此鬧出不少的笑話。他們三人分別駕駛著零號機、初號機和2號機，抵抗了第八使徒猛烈的攻擊，在這一過程中，淡淡的情愫悄...